Les archives de la famille Gauly ont été classées en trois grands ensembles : les pièces relatives à la gestion de leurs biens, leurs papiers personnels et enfin leurs collections.
Les documents concernant la gestion de leurs biens ont été classés suivant leur situation géographique puis suivant la famille d'origine. Cette répartition permet de souligner l'importance des biens situés à La Réorthe. Les alliances avec les familles Angibaud et Gaborit renforcent encore cet état de fait. L'apport de biens en dehors du département est surtout le fait des dernières générations de Gauly, ceux que leurs activités militaires amènent à voyager.
Le classement des papiers personnels présente la famille Gauly puis les familles alliées suivant la généalogie. Chaque génération est accompagnée des enfants n'ayant pas donné lieu à la branche principale, celle qui nous intéresse. Des dossiers personnels ont pu être constitués à partir de Philippe Henry Gauly. Avant le XVIIIe siècle, seules quelques pièces éparses permettent de retracer l'histoire des familles alliées. Ces dossiers illustrent les fonctions de différents membres de la famille Gauly notamment leurs activités judiciaires et militaires.
L'esprit de conservation des différentes générations de Gauly qui a présidé à la sauvegarde d'un fonds familial riche transparait particulièrement dans la troisième partie de cet inventaire grâce aux collections réunies par différents membres de la famille.
S'il est souvent difficile d'attribuer à tel ou tel la réunion de ces pièces, quelques ensembles font exception et peuvent être clairement assignés à leurs auteurs. Ainsi les collections de tracts et autres pièces politiques conservées sous les cotes 81 J 267 et 81 J 280 ont été constituées respectivement par Benjamin et Aimé Gauly. Ces deux frères sont très impliqués dans la vie politique du département à une époque ou le suffrage censitaire limite le nombre d'électeurs. Un autre volume factice, présenté sous la cote 81 J 210, était probablement la propriété du chapitre de Luçon. Il comprend un grand nombre de pièces sur l'histoire religieuse et politique du XVIIe et du début du XVIIIe siècle. Plusieurs hypothèses pourraient expliquer son entrée dans les archives familiales : il pourrait avoir été acquis par René Gaborit ou Pierre Angibaud, tous deux chanoines de Luçon ou plus probablement par Benjamin Gauly, curé constitutionnel, proche de l'évêque Rodrigue qui devient ensuite administrateur du département. L'importance de ces collections a fait choisir une présentation pièce à pièce suivant un cadre thématique, seule la cote permet de reconstituer le volume initial.
Il faut aussi signaler la présence d'ouvrages exceptionnels sur la Vendée concernant notamment l'agriculture, avec les travaux d'André Pervinquière (1785) et ceux de Tillier (vers 1835-1840), et l'enseignement.
